Martin Jakobsson disputerade 2000 vid institutionen för geologiska vetenskaper, Stockholms universitet, på avhandlingen: ” Mapping the Arctic Ocean: Bathymetry and Pleistocene Paleoceanography”. Därefter fick han en forskartjänst i USA vid Center for Coastal and Ocean Mapping, University of New Hampshire. Han återvände 2004 till Stockholms universitet för en lektorstjänst vid institutionen för geologiska vetenskaper. Senare samma år erhöll han en av Kungliga Vetenskapsakademins femåriga forskartjänster (Academy Fellows), som finansierats av Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse. I september 2009 blev Martin befordrad till professor i marin geologi och geofysik. Hans nuvarande forskningsintressen inkluderar Arktiska oceanens glaciationshistoria, det västantarktiska istäcket, glaciala landformer och geofysisk kartläggning av havsbottnar med akustiska metoder. Han har spenderat mer än ett år till sjöss på forskningsexpeditioner till olika delar av världshaven (främst Arktiska oceanen) och lett åtta internationella marina forskningsexpeditioner och många fler i svenska vatten. Martin har varit prefekt för institutionen för geologiska vetenskaper sedan 2012. Kungliga Vetenskapsakademiens Klass V för geovetenskap valde in Martin som medlem 2012 och sedan 2016 är han deras 1:e vice preses med särskilt ansvar för miljöfrågor.